1.正常工作控制
滤池在正常工作时，曝气阀及进水阀开启，其他阀门关闭，曝气风机变频运转，整个滤池自动运行。核心控制参数为滤速（控制水力负荷）、出水溶解氧（DO）水平及运行周期（保证生物活性）。
2.反冲洗控制
当滤池具备反冲洗条件时需停止正常工作，排队进入反冲洗工况（根据提出反冲洗申请的先后顺序）。反冲洗程序为三段式冲洗：气冲洗、气水混合冲洗、水冲洗。其工艺过程为：关进水泵和进水调节阀-关闭曝气鼓风机和鼓风机出口气动阀门-开反冲洗排水闸板-开反冲洗进气阀-启气动反冲洗鼓风机-开反冲洗进水阀-开反冲洗水泵-停反冲洗风机-关反冲洗进气阀-开放气阀-关闭气阀-关反冲洗进水阀-关反冲洗水泵-关反冲洗排水闸板-开进水阀-开曝气进气阀。
3.备用状态
曝气生物滤池在设计时会参照比较保守的数据，加上污水厂进水量的季节性变化较大，因此经常会发生有滤池闲置备用的情况。这时控制系统可根据每个滤池和设备闲置时间的多少安排滤池工作，让每个滤池和设备都获得大致相同的检修时间。
4.故障状态
若出现故障，应停电检修。单个滤池的检修不影响其他滤池的正常运行。